瑞浪超深地層研究所は、地下施設（研究坑道）と地上設備から構成されています。研究坑道は地下1，000 mに達する2本の立坑（主立坑；内径6．5 m、換気立坑；内径4．5 m）と、2本の立坑をつなぐ予備ステージ、研究の場となる中間ステージと最深ステージなどの水平坑道からなっています（a）。地上施設は立坑を掘削するための設備（掘削タワーや巻上機）、受電設備、排水処理設備などがあります（b）。