セリンプロテアーゼにおいては、触媒残基のひとつであるセリン残基（Ser195）のγ位の酸素原子が基質（反応物）ペプチドの主鎖のカルボニル酸素に求核攻撃することにより生じた基質複合体に、水が反応し基質ペプチドの分解が生じる。その活性を加水分解活性と呼ぶ。(4-11 中性子回折法による酵素反応中間体の観測)
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